A 知事部局は増員2036人、減員2730人で差し引き694人の減員となっている。
多摩地域都税事務所の統廃合による削減60人(主税局)、ナーシングホームの定員見直しで22人の減(福祉局)、出納事務所の廃止により65人の減(出納長室)、成東児童保健院の廃止35人の削減(健康局)などの他に、福祉局の城北福祉センターの財団化による削減36人、三多摩の保健所の精神保健福祉相談業務の一部市町村移譲による削減25人など組織の見直し・再編などで多くの定数を削減している。また、「都立病院改革マスタープラン」で2004年公社化の方針が打ち出されている大久保病院の職員定数を1年前倒しで公社並みにするとして34人の定数削減を行っている。過労死するのではと緊急の対策が望まれていた墨東病院のER関連では、薬剤師4人削減という逆行した査定がされている。また基準も不明確な「実績主義」を盾に取り、「経営改善」を大義名分にした医師や看護師を始めとする医療系全職種に及ぶ定数削減を強行している。
一方重要施策として増員したと強調している地球温暖化対策や自動車公害防止対策、食品安全確保対策の強化など定数増は微々たるもので、組織再編などで外見を変更したに過ぎないような対策も多い。